В соответствии с пунктом 13 Устава Акционерного общества «Навоийский горно-металлургический комбинат», общее собрание акционеров является высшим органом управления Общества.
Согласно постановления Президента Республики Узбекистан №ПП-4629 «О мерах по реформированию Государственного предприятия Навоийский горно-металлургический комбинат» от 06 марта 2020 года, постановления Кабинета Министров Республики Узбекистан №170 «Об организации деятельности Государственного предприятия «Навоийуран», Акционерного общества «Навоийский горно-металлургический комбинат» и Государственного учреждения «Фонд Навоийского горно-металлургического комбината» от 30 марта 2021 года, постановления Президента Республики Узбекистан №ПП-283 «О дополнительных мерах по совершенствованию механизма реформирования предприятий и коммерческих банков с участием государства» от 18 августа 2023 года, на сегодняшний день Министерство экономики и финансов Республики Узбекистан выполняют функции акционера по доле государства в уставном капитале Акционерного общества «Навоийский горно-металлургический комбинат».